Archäologische Funde belegen, dass bereits in der Mittel- und Jungsteinzeit die Ufer der Flensburger Förde von Menschen besiedelt waren. Auch wenn der Küstenverlauf der Flensburger Förde damals etwas anders als heute war, so sind die wesentlichen geologischen Merkmale gleich. Maßgeblich für die Gestaltung der Fördelandschaft war die letzte Kaltzeit, die vor ca. 12.000 Jahren endete. Mit ihrem Rückzug nach Norden gaben die Eismassen die Landschaft der jung erschaffenen Förde frei für Bewaldung und anschließende Besiedelung.
Im Glücksburger Wald finden sich mehrere Grabanlagen (sogenannte Dolmen) aus der Jungsteinzeit und der Bronzezeit, welche heute noch von der damaligen Besiedlung zeugen. Aber auch an anderen Orten entlang der Flensburger Förde lassen sich Siedlungsspuren aus der Jungstein- und Bronzezeit entdecken, sowohl auf der Deutschen als auch auf der Dänischen Seite.
Man geht heute davon aus, dass Anfang des zwölften Jahrhunderts die Innenförde, etwa dort, wo heute das Flensburger Johannisviertel liegt, von Fischern und Händlern besiedelt wurde. 1284 wurde Flensburg das Stadtrecht durch den Schleswiger Herzog Waldemar IV verliehen.
Doch auch andernorts entlang den Ufern der Flensburger Förde wurden im Mittelalter Siedlungen errichtet, boten ihre Wasser doch sowohl Nahrung in Form von Meeresfrüchten als auch eine willkommene Transportmöglichkeit. Da die Wälder entlang der Förde dicht und die Wege oft kaum passierbar waren, bevorzugten die Anwohner der Förde – nicht zuletzt die Wikinger – den Weg über das Wasser.